Hagfræðistofnun er rannsóknastofnun sem heyrir undir Hagfræðideild Háskóla Íslands. Stofnunin var sett á laggirnar árið 1989 og er ætlað að vera miðstöð rannsókna við Hagfræðideild.

Meginmarkmið Hagfræðistofnunar er að skapa öflugt rannsóknaumhverfi með sérstakri áherslu á lítil og opin hagkerfi. Stofnunin sinnir rannsóknum og þjónustuverkefnum og hefur einnig veitt stjórnvöldum og öðrum fjölþætta ráðgjöf.

Undanfarin ár hefur Hagfræðistofnun einkum unnið að verkefnum er lúta að auðlinda-, umhverfis- og byggðamálum, en einnig látið til sín taka á ýmsum öðrum sviðum hagfræði.